Si de telles garanties sont prévues c’est que l’administration fiscale dispose d’un certain nombre de prérogatives en cas de contrôle de vérification de comptabilité, celle-ci dispose d’un droit de communication (notamment auprès de tiers), cette disposition étant prévue à l’article R13-1 du LPF.
Concernant la vérification de comptabilité, cette procédure se fait en plusieurs étapes, dans un premier temps avant même de décider qu’il sera procédé à une vérification de comptabilité, le vérificateur va réunir une multitude d’éléments. Pour cela celui-ci va étudier les dossiers mis à la disposition de l’administration fiscale (déclarations fiscales, par ex : déclarations souscrites annuellement pour l’établissement de l’impôt, déclarations annuelles sur les salaires, taxe sur les véhicules de société, déclaration de TVA, documents annuels liés à la vie de la société tel que les Procès-Verbaux, rapports des précédentes vérifications s’il y en a eu, avis d’impôts locaux…).